2024年7月25日，來自東南大學(xué)的謝芃研究員和林承棋、羅卓娟教授領(lǐng)銜的研究團(tuán)隊(duì)，在權(quán)威生物信息學(xué)期刊《Bioinformatics》上發(fā)表了題為“SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data”的研究論文。該研究的核心貢獻(xiàn)在于開發(fā)了SpatialQC這一創(chuàng)新工具，填補(bǔ)了當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程中缺乏一站式質(zhì)控（QC）工具的空白，并進(jìn)而促進(jìn)了數(shù)據(jù)質(zhì)量的提升與分析流程的簡化。

 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的出現(xiàn)揭示了生物組織內(nèi)部的空間異質(zhì)性，極大地推進(jìn)了為我們對(duì)細(xì)胞間及分子間相互作用機(jī)制的深層次理解。在空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域內(nèi)，數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制（QC）是影響數(shù)據(jù)分析準(zhǔn)確性、可靠性乃至科學(xué)結(jié)論有效性的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。當(dāng)前，空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程普遍缺乏一個(gè)綜合性的、一站式QC工具，以系統(tǒng)地評(píng)估和優(yōu)化數(shù)據(jù)質(zhì)量，這限制了數(shù)據(jù)處理過程的效率，還可能影響后續(xù)分析的深度和精度。鑒于此，開發(fā)一款具備高度自動(dòng)化、全面覆蓋數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估各個(gè)方面的空間轉(zhuǎn)錄組QC工具顯得尤為重要。

 SpatialQC從切片、細(xì)胞和基因三個(gè)維度上實(shí)現(xiàn)了對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的綜合自動(dòng)化質(zhì)控。該軟件能夠直接獲得用于下游分析的清潔數(shù)據(jù)，并生成全面的交互式QC報(bào)告，以便用戶探索與檢查數(shù)據(jù)的質(zhì)量。SpatialQC的設(shè)計(jì)廣泛適用于包括Visium，Stereo-seq等基于高通量測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，以及MERFISH，Xenium等基于成像的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)。論文的研究結(jié)果表明，SpatialQC在大多數(shù)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)中均展示了良好的性能和準(zhǔn)確性，使研究人員能夠快速識(shí)別異常的切片、細(xì)胞，并進(jìn)行進(jìn)一步的定量分析。綜上，SpatialQC為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究提供了一個(gè)高效、全面的質(zhì)量控制解決方案。

 東南大學(xué)生物科學(xué)與醫(yī)學(xué)工程學(xué)院謝芃研究員、生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院林承棋教授與羅卓娟教授為該論文的共同通訊作者。東南大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院碩士生毛廣堯和副研究員楊屹為該論文的共同第一作者。該研究得到了國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金和深圳市科技計(jì)劃等項(xiàng)目的資助。（生科院）

論文鏈接：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae458